Dans un souci de transparence envers l’ensemble des parties prenantes, le service de protection civile et operations d'aide humanitaire européennes de la Commission européenne est contrôlé à la fois par un auditeur externe (la Cour des comptes européenne) et un auditeur interne (le service d’audit interne de la Commission). Le service conclut également des contrats avec des sociétés d’audit externe pour effectuer des audits formels de toutes ses opérations d’aide humanitaire et de protection civile.
Les actions humanitaires et de protection civile financées par l’Union européenne sont contrôlées par la Cour des comptes européenne, qui fournit une «déclaration d’assurance» annuelle concernant la légalité et la régularité des dépenses de l’UE. La Cour effectue également des audits de performance ad hoc qui font l’objet de «rapports spéciaux». Les audits sont publiés sur le site web de la Cour des comptes européenne.
Les méthodes de travail internes sont contrôlées par le service d’audit interne de la Commission, à la suite d’une évaluation des risques qui est transposée dans un programme d'audit annuel. Les audits consistent, entre autres, à analyser les documents disponibles, à interroger le personnel compétent et à réaliser des essais par sondage.
Toutes les organisations partenaires qui mettent en œuvre des actions d’aide humanitaire sont contrôlées essentiellement par des sociétés externes. Fondés sur des normes internationales, les audits donnent à la Commission européenne le niveau d’assurance requis par le règlement financier de l’UE.
Les audits — effectués à la fois au siège des partenaires et sur le terrain — visent non seulement à vérifier que les critères fixés dans l’accord de partenariat sont respectés et que les dépenses sont correctement justifiées, mais aussi à s'assurer que les systèmes internes de l’organisation partenaire sont parfaitement en règle.
Ce processus d’audit comprend également la vérification de projets mis en œuvre par des agences des Nations unies. Par ailleurs, des organisations à but non lucratif spécialisées dans l'acquisition de fournitures et de services nécessaires à la mise en œuvre d’actions humanitaires sont régulièrement soumises à des audits.
Les résultats de ces procédures d'audit contribuent à formuler des recommandations en vue d'améliorer en permanence la planification et les opérations.